Υδραίος πλοιοκτήτης, πρόκριτος και πολιτικός. Προεπαναστατικά, η οικογένειά του χάρη στην επιχειρηματική της δραστηριότητα είχε στην ιδιοκτησία της μεγάλο μέρος του εμπορικού στόλου του νησιού, με ιθύνοντα νου τον πανίσχυρο αδελφό του Γεωργίου, Λάζαρο. Ως κάτοχοι σημαντικού εφοπλιστικού κεφαλαίου, οι Κουντουριώτες συμμετείχαν στον Αγώνα κυρίως προσφέροντας οικονομική ενίσχυση για την κάλυψη πολεμικών αναγκών και δη για τον εξοπλισμό και τη συντήρηση του στόλου.

Το 1823 ο Γεώργιος Κουντουριώτης εμφανίζεται στην κεντρική πολιτική σκηνή ως πληρεξούσιος της Ύδρας στη Β΄ Εθνοσυνέλευση του Άστρους (29 Μαρτίου-30 Απριλίου 1823), ενώ το 1824 καταλαμβάνει τη θέση του Προέδρου του Εκτελεστικού Σώματος, στην οποία παρέμεινε καθ’ όλη τη διάρκεια των εμφυλίων διενέξεων. Η ανάμειξή του σε αυτές και η σύγκρουσή του με τον Θεόδωρο Κολοκοτρώνη επέφερε βαρύ πλήγμα στον Αγώνα.

Στις αρχές του 1825 ανέλαβε την ευθύνη των στρατιωτικών επιχειρήσεων εναντίον των τουρκοαιγυπτιακών δυνάμεων, η απειρία του όμως οδήγησε σε διαδοχικές αποτυχίες, με αποτέλεσμα να παραιτηθεί.

Κατά την καποδιστριακή περίοδο, αρχικά δέχθηκε να συμμετάσχει στο Πανελλήνιον ως πρόβουλος (‘πρόεδρος’) στο Τμήμα Οικονομίας (1828) και στη συνέχεια στη Γερουσία (1829), γρήγορα όμως μεταπήδησε στην αντικαποδιστριακή παράταξη. Επανήλθε σε υψηλές διοικητικές και πολιτικές θέσεις κατά την οθωνική διακυβέρνηση, παραμένοντας ως τον θάνατό του αφοσιωμένος στον βασιλιά Όθωνα.