Γόνος ιστορικής σπετσιώτικης οικογένειας με ηπειρώτικη καταγωγή, ασχολήθηκε προεπαναστατικά με το εμπόριο και τη ναυτιλία και απέκτησε μεγάλη περιουσία. Πήρε μέρος στα Ορλωφικά (1770).

Μαζί με τον Γεώργιο Πάνου στις 3 Απριλίου 1821 ύψωσαν τη σημαία της Επανάστασης στην Καγκελαρία (Διοικητήριο) των Σπετσών. Στον Αγώνα διακρίθηκε ο ίδιος αλλά και άλλη μέλη της οικογένειάς του, όπως οι Γκίκας, Νικόλαος και Θεοδόσιος Μπότασης. Μέλη μιας προοδευτικής και φιλελεύθερης οικογένειας, ενίσχυσαν οικονομικά τη ναυτική δύναμη του νησιού τους αλλά γενικότερα τον Αγώνα.

Ο Παναγιώτης Μπότασης διορίστηκε από τον Δημήτριο Υψηλάντη έφορος Σπετσών και το φθινόπωρο του 1823 έφτασε, επικεφαλής στολίσκου, στο Μεσολόγγι, όπου παρέμεινε έως το 1824.

Κατόπιν σχετικής εισήγησης των συντοπιτών του, διετέλεσε αρχικά μέλος και στη συνέχεια Αντιπρόεδρος του Εκτελεστικού που σχηματίστηκε τον Οκτώβριο του 1824, με Πρόεδρο τον Γεώργιο Κουντουριώτη.